顺治三年（隆武二年、1646年）五月，满清征南大将军贝勒博洛乘虚突破钱塘江，绍兴、杭州、义乌、金华等城相继失守，南明宗室乐安郡王、楚亲王、晋平郡王在金华殉国。
鲁王则在石浦守将张名振护卫下自台州出海到达舟山，张煌言随即赶回鄞县故里，与老父、继母、妻儿子女洒泪诀别，追随鲁王一行至舟山。
但舟山总兵、隆武帝所封肃虏侯黄斌卿却拒绝接纳，鲁王只得逃往福建长垣。不久，鲁王去厦门，张名振留舟山待机。张煌言与张名振待局势稍定后，重返浙东与舟山地区，组织招募军队。而张煌言被鲁王加授右佥都御史之职。
顺治四年（永历元年、1647年），满清苏松提督吴胜兆欲在苏州反正，起事前联络定西侯张名振支持。张煌言劝张名振援吴胜兆，张名振遂命张煌言为监军，徐孚远副之。
于四月六日自岑江出发。不料四月十三日在崇明岛外遇风暴而大败。总督浙直水师户部左侍郎沈廷扬、总兵蔡聪等将领十余人上岸后被满清鞑子俘获，于七月三日就义。
而张煌言也因飓风吹翻船舶，陷入清军之手七天，后来找到机会逃出到了海上。在途经黄岩时，又被追赶的清军包围并以箭射之，张煌言率领数骑突出包围，自此他更加努力练习骑射。
并在浙东招募集结军队于上虞县平冈寨屯田拒守。当地的多个山寨经常劫掠民众，唯独张煌言与王翊让他们的部下不要扰民，深得百姓拥护。
顺治十年（永历七年）八月，张名振和监军兵部侍郎张煌言带领五六百艘战船向北进发，来到长江口的崇明一带沙洲。崇明城中的清军兵力有限，不敢出战，被围长达八个月。
顺治十二年（永历九年），张名振与张煌言合兵三入长江，抵燕子矶，因兵力单弱，无功而返；于是会同郑成功、甘辉、陈六御等收复舟山。
顺治十五年（永历十二年），永历帝封郑成功为延平郡王，张煌言为兵部左侍郎。同年清军进至云贵，郑成功、张煌言进军浙江，攻克乐清、宁海等地，在羊山遭遇台风，损战船百余艘，漂没战士八千余人，被迫撤回厦门。
顺治十六年（永历十三年），张煌言与郑成功一起再次率军入长江作战。先占领崇明。后于六月一举攻占瓜洲。攻克瓜洲后，张煌言所率军一万，舟百艘西行攻克仪真，并进军六合，沿途受到沿江民众的热烈欢迎。
张煌言于七月七日率军赶到芜湖，后兵分四路，分道攻城略地，且在沿途“移檄诸郡县”，张贴文告。许多故明降清的旧官吏，见到文告，纷纷倒戈，“于是太平、宁国、池州、徽州、广德及诸属县皆请降”，使义军很快便收复了四府、三州、二十四县，城池近三十座。
“来人止步，这里是军营重地。”突然的喊话声，拉回朱慈煊发散的思绪，他抬头一看，原来不知不觉来到一座规模宏大的军营。
只听前方的沐忠亮，道：“还不快去通传，太子殿下要见延平王。”
“啊！太子殿下来了。”为首一位将领模样的人一惊，连忙小跑来到朱慈煊马前，单膝跪地，抱拳行礼道：“延平王麾下把总郑福参见太子殿下。”
朱慈煊翻身下马，上前虚扶，道：“郑把总请起，我来拜见延平王殿下，还请通禀。”
“是，请太子殿下稍等，小人这就通传。”郑福再施一礼，掉头飞快向军营内跑去。
大约一刻多钟，朱慈煊见营内快步走出数名明军将领，为首一人脸庞瘦削、细眉凤眼、蓄短须、身穿一袭绣有五爪龙纹的蓝色袍子，年约三十五岁左右的中年男子，他边走边问道：“太子殿下在哪里？”
朱慈煊一抱拳，“足下可是延平王？”
“正是本王，你是……太子？”郑成功看着眼前英气逼人的朱慈煊道。
“朱慈煊见过延平王殿下。”朱慈煊双手抱拳道。
“哎呀！早就听说，太子殿下英武不凡，自腾越击杀逆臣锦衣卫指挥使马吉翔，又领兵支援晋王，在磨盘山一战斩杀逆贼吴三桂、鞑子征南将军赵布泰等数十名鞑子将领，全歼三万八旗精锐，大震我大明军威。
后又率兵光复昆明、广西、广东。现又率兵千里来援，一战收复江宁，我大明能有殿下，实乃我大明之福也。
殿下有所不知，当我听说殿下领兵在磨盘山斩杀逆贼吴三桂，全歼三万鞑子八旗精锐，平日少有饮酒的我，当晚高兴，喝的酩酊大醉，我大明能有如此英勇的太子，何愁鞑子不灭，山河不复。”
卧槽，虽说郑成功高傲，一般看不起人，这完全颠覆了郑成功在朱慈煊心目中的形象，这情商不是挺高的吗？这一通吹捧，说的朱慈煊脸都红了。
朱慈煊连连摆手道：延平王拗赞了，拗赞了。
“太子殿下，我可是一点也没有夸赞你的意思，我郑某人只是实话实说而已，崇明伯、张英、陈魁、陈鹏你们几个还傻站在那儿干嘛，快来拜见我大明的少年英雄，太子殿下。”
被郑成功叫道的崇明伯甘辉、五军张英、右虎卫陈魁、陈鹏几人上前一一单膝跪地，抱拳行礼。
“末将甘辉、张英、陈魁、陈鹏参见太子殿下。”
“哎呀！诸位都是我大明的股肱之臣，快快请起。”朱慈煊亲热地把他们一一扶起。随即把蔡九仪、沐忠亮介绍给郑成功的诸将认识。
“哈哈哈！殿下请随我进营。”郑成功大笑着地拉着朱慈煊的小手，迈开大步向军营中走去。
在军营的议事大殿，朱慈煊和郑成功等人欢聚一堂，进行了亲切友好的交谈。
朱慈煊表示自己年纪尚幼，少不更事，拜托郑成功主持江宁事务，稳定城内秩序。并对郑成功派兵在城内巡逻，贴出告示稳定民心，建立粥棚，接济饥民的行为表示赞赏。
郑成功爽快地答应朱慈煊的请托，保证稳定城内秩序，打击趁机作乱之人，广设粥棚，不让一个百姓饿死。
众人亲切交谈了一个多时辰，朱慈煊才起身告辞，郑成功率领营中诸将一直把朱慈煊送到军营辕门口，才一一惜别。
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