浙江巡抚王汝训和巡按御史彭应参亲自去了湖州，可是办案非常仓促，没有把事情理清楚就仓促判决，有人到北京告了御状，皇上把王汝训等都削籍为民，连举荐王汝训、彭应参的吏部尚书孙丕扬、都御史衷贞吉等均受牵连，案件震惊朝野，处理官员级别之高举国惊叹。从抚按到知府衙役，几尽塌方式被问罪，所涉大小衙门官员无敢再有过问此案的人，而百姓状告不止，继而有酿成更大民变的风险。
董氏一案让当地主政官员大伤脑筋，最后决定征召袁可立前往处置。袁可立到了之后，放开衙门受理诉讼案子，归哪个地方管就去哪个地方去处理，杀住了势头。又查清楚董家田产多以抵债或低价收购、接受投献而来。但董家仗着万岁爷开了金口得势不让人，要求官府严惩参与打砸抢的乱民。袁可立顶住压力，认为法不及众，劝董家见好就收，竭力保护弱势民众，将少数为首施暴者“只诛首恶，不论胁从”，带头的地痞流氓俯首就擒，魑魅魍魉一下字偃旗息鼓，形势一下子就安定下来。其余均以民事分发各县衙门从轻发落，使这一轰动朝野的事件很快得以平息。
经过退还和平价赎回，董家田产所剩十不及三，而贫民获益者颇多，董家从此一蹶不振。不久，董份及长孙嗣成、次孙嗣昭三人相继下世，转眼间人财两空。说来董份和陆树声是同年，算袁可立的师叔辈分，又是当朝正副宰相申时行和王锡爵的座师，新任抚按和两台把这个震惊全国的棘手大案推给袁可立处理，其风险之高不言而喻，几百年后观之仍觉惊心动魄。
袁可立在查办另一件涉倭案件时，发现被指为倭寇同党处以极刑者一时竟多达千余人，至殃及株连老幼无辜。于是他不惜得罪急于邀功的高官权贵，对案件进行重审，先后使数百名无辜百姓渔民免遭屠戮而获释。上半年的时候，袁可立奉命汛期巡海，一李姓千总邀袁可立共饮，席间出赠三把倭寇“武士刀”，袁可立细细审视，见刀面光洁如玉，精美异常，袁可立致谢后将刀奉还。但凭经验发现这并不是倭刀，而是来源于属国琉球。
五月份，明军上报在崇明县擒获倭船一只，军方指称上有倭寇三十四名，南京为之震动，南大司马周世选于六月二十四日上报至京师。并夸张战报说打了胜仗，击毙倭寇数百，还有大量物资船械。急于报功的军方要求迅速坐实结案将人犯处决，推官袁可立在审验时发现没有战俘的任何口供，坚持不可草菅人命。袁可立接手时，发现被指倭寇的实际人数只有二十人，且两人已毙死杖下，另外的十八人也被以毒药致哑，偶而有能说话的人都是说些听不懂的鸟语。袁可立据理力争，主张将人犯缓死暂时收押吴县监狱。重新查验所缴获的物品，竟惊讶地发现三把“倭刀”很是面熟，仔细勘验后发现就是千总在数月前让自己看过的那三把“倭刀”，又被当作“战利品”上报其中。于是顿觉案件大有蹊跷，推翻前案进行重审，马上找来李姓千总对质，但千总盛气凌人，死不承认诬良为寇，并一不做二不休一口咬定说就是在海上俘获的倭寇。
十一月的时候，琉球贡使来中国转至南都，袁可立请他们指认，“倭寇”见贡使来了，大哭，贡使一眼就认出这些全都是琉球国良民，是一次在海上运输粮食时因风漂落才不幸被官兵捕来的，贡使所述人数特征完全相合。后来这十八个琉球国民被无罪释放回国与妻子团聚。为感谢袁可立救命之恩，在琉球国建庙塑像奉祀，敬若神明。
结果上报京城，万历御批：“今后沿海地方获有夷人船只，一定还要详辩真伪，不能为了贪图功劳冤枉好人。”
天启二年，袁可立以右佥都御史的身份巡抚登莱，负责整饬当地防务，同时筹划对后金作战、收复辽东失地等事宜。也就是在这段时间，徐光启也来到了登莱地区，成为了袁可立的部下。
袁可立刚到任便派出军队7千余人，与山东巡抚赵彦一起剿灭为患山东多年的乱军，并成功地招降5万名精悍的叛军。扫荡完乱军后，袁可立按照戚继光“水军先习陆战”之法，在辖区内组建了一支拥有战舰4千余艘、总兵力达5万余人的水师陆战军队。这支军队不仅装备精良，而且战斗力非常强，在不久后的将来，便成为努尔哈赤的噩梦。
袁可立深知联合作战的重要性，便与主持辽东防务的兵部添设侍郎孙承宗、天津两任巡抚李邦华和毕自严、平辽总兵官毛文龙、登莱总兵沈有容等人勠力同心，共同谋划实施对后金作战、收复辽东的计划。与此同时，袁可立还沿着海岸线修筑炮台，并在近海的岛屿上设置据点，有条不紊地向辽东半岛推进。
经过近3年时间的经营，昔日混乱不堪、防务废弛的登莱地区模样大变，不仅海面上战舰云集，而且经济快速发展，一度出现屯田农幕，处处相望，商船战舰不知其数的繁华景象，而商业的繁荣又为袁可立进一步发展军备、收复辽东提供充足的财源。
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